陈伯达、江青等人依仗毛泽东的支持，一齐否定刘志坚提出的异议。军队乱了，天下大乱。刘志坚根据叶帅的指示精神主持起草了一份通知：《关于各总部、国防科委、军种兵种机关必须经常保持战备状态的通知》。11月6日经林彪转送给“中央文革”，又被陈伯达以“借战备压革命”的罪名扣压下发。
此后，为了控制《紧急指示》下达后各地出现的混乱局面，刘志坚又组织“全军文革”前后起草过5份电报，都被陈伯达扣压了。在一次“中央文革小组”会议上，陈伯达当面指责道：“你刘志坚思想不对头，发的几个电报，都是压制造反的。我都给扣留了。”
江青还几次叫嚷要关锋、戚本禹到总政当主任、副主任，被叶帅顶住，没有任命。红卫兵们已经从某种渠道得知刘志坚有“叛徒”嫌疑，开始围攻他的家。为了更方便工作，叶帅让刘志坚搬到他家后面去住。这样，刘志坚每天早晨都把“中央文革”的情况向他报告，同时听取他的指示。11月初，刘志坚和叶帅、徐帅、陈老总等几个人在聂帅家里吃饭，老帅们大骂江青、陈伯达一伙。叶帅感慨地说：“现在我们都没有发言权了，志坚同志虽然在‘中央文革’，可也没有发言权，连戚本禹都敢跟他拍桌子，那是江青、康生给他撑腰的，他们要打倒你呢！”
1967年1月3日，刘志坚正处于高度忙碌之中。那天，许多“红卫兵”要揪斗陈毅。叶剑英知道了，急召刘志坚，要他做工作，不许揪斗陈毅。刘志坚刚到叶帅那里，周恩来总理来了电话，要刘志坚火速赶往钓鱼台。到了钓鱼台，周恩来也要刘志坚出面做工作，劝造反派们不要开批判陈毅大会，希望刘志坚对学生们讲几句话。这天晚上，49所大专院校派出100多名代表，来到人民大会堂，要求召开批陈大会。根据周总理的指示，刘志坚出面劝导。谈了一晚上，未能完全说服学生代表。于是，1月4日晚，在人民大会堂继续跟学生代表谈话。周恩来总理发表了讲话，劝告学生们不要组织批陈大会。刘志坚也讲了话，赞同总理的意见。然后，刘志坚又说，陈毅同志对部队的讲话如有不妥之处，首先的责任在于他——因为他是“全军文革小组”的组长。他正说着，忽听得康生拍了桌子，厉声道：“刘志坚，你不是什么折衷主义，你就是刘、邓资产阶级反动路线在军队里的代表。这个会要开！要批！要斗！要揭开军队里阶级斗争的盖子，首先要批判刘志坚，打倒刘志坚！”
康生是“中央文革小组”的顾问。康生这么一发威，那些学生代表就大轰大嗡起来，高呼口号“打倒刘志坚”。接见会成了打斗会，一直折腾到5日凌晨，“打倒刘志坚”之声仍不绝于耳。当刘志坚好不容易回到家中，天已蒙蒙亮了。那些学生代表迅速把康生的“号令”传遍各校。5日，5000多名红卫兵前往国防部，要求叶剑英、肖华接见并交出刘志坚。叶剑英、肖华拒不接见。刘志坚闻讯，怕波及他们，便给叶帅打电话：“我去国防部见学生。”叶帅叹了一口气，说道：“你一去恐怕就回不来了，醉翁之意不在酒啊！”
冒着严寒，刘志坚还是去了。到了那里，刘志坚立即陷入重围之中。他的帽徽、领章被揪了下来，一顶高帽子按在他的头上，“打倒刘志坚”的口号声震耳欲聋。当天晚上，刘志坚被关押在一辆大卡车上。接着，被弄到一间空房子里关起来，那房子原是总政一位副处长住的。1月8日，刘志坚被转送到北京卫戍部队，关押在北京顺义县。此后，大会批、小会斗，他头上的“帽子”也越来越多，从“资产阶级反动路线在军队的代表”，升级到“两面派”、“反革命修正主义分子”、“三反分子”，以至升级到“叛徒”。
这“叛徒”一说是陈伯达“揭发”的，他的依据就是“被敌人抓走又活着回来了”。于是，1月11日，中央军委下令改组了“全军文革小组”，撤消了刘志坚的组长职务。一时间，“打倒刘志坚”的大字报、大标语布满全国。刘志坚遭受批斗后即被关押。2月11日下午，在中南海怀仁堂的会议室里，在周恩来同志主持下，召开当时主持党、政、军日常工作的同志和“中央文革”成员的碰头会议（即扩大的政治局常委碰头会），会议原定的议题是讨论“抓革命、促生产”的问题。
会上，围绕着“文化大革命”要不要党的领导，应不应把老干部统统打倒，要不要保持军队的稳定等几个关系党和国家命运前途的大问题，同林彪、江青一伙，进行了全面摊牌。
军委副主席叶剑英首先站起来讲话，向陈伯达一伙说：“你们把党搞乱了，把政府搞乱了，把工厂、农村搞乱了！你们还嫌不够，还一定要军队搞乱！这样搞，你们想干什么？”叶剑英对坐在对面的康生、陈伯达、张春桥、姚文元、王力等人说：“军队要是再稳不住，天下就要大乱了！我请诸位帮帮忙吧，不要再把军队搞乱了！”
坐在叶剑英旁边的新任“军委文革”组长徐向前，激愤地拍着桌子说：“军队是无产阶级专政的支柱，这样把军队乱下去，还要不要支柱了？难道我们这些人都不行啦？要蒯大富这类人来指挥军队吗？如果不要，我们这些人干脆回家种地去！”
他还专门提到刘志坚的所谓“叛徒”问题，向陈伯达说：“刘志坚不是叛徒。”但是，陈伯达却蛮横无理地说：“刘志坚叛徒的案已经定了，再也不能改变了。”于是，刘志坚仍被关押着。