百团大战中的邓政委
1939年9月，日军对华北抗日根据地实行“囚笼政策”，妄图将抗日根据地网状分割后，用重兵各个歼灭。面对凶残的日军，刘伯承和邓小平决定实施对敌交通线的破击作战。1940年5月，在刘伯承和邓小平的指挥下，第129师首先对白晋路发动破袭。5日至7日，铁路沿线各县的两万多名自卫队和民兵配合主力部队参战，撬铁轨，扛枕木，拆桥梁，烧仓库，两天时间就把日军苦心经营的白晋铁路彻底破坏了50余公里，拉开了百团大战的序幕。
7月22日，八路军总部发出“战役预备命令”。刘伯承和邓小平立刻行动起来，在作战室里彻夜不眠，全力投入指挥作战。8月18日，在和顺县石拐镇，第129师召开三路突击部队指挥员会议，做了作战的详细部署。政治委员邓小平在会上简明扼要地说：“对正太路破坏得越彻底，我们就越主动，这一仗必须打好。坚决粉碎日寇的‘囚笼政策’，扩大并巩固敌后抗日民主根据地。”自8月20日夜到9月10日，第129师参战部队在民兵、群众的大力支援下，如期完成了战役第一阶段的任务。
第二阶段，第129师的作战任务是收复榆社至辽县公路上的日军据点。9月23日23时，刘伯承和邓小平指挥部队对榆社日军各据点发起强攻。八路军与敌人彻夜激战，占领城西及西南角。24日下午，发起第二次攻击，突入10多米高的母堡，经4小时激战，攻下日军核心阵地榆社中学的多数碉堡。当夜，发起第三次强攻，丧心病狂的日军施放了毒气。25日下午，八路军利用坑道爆破发动强攻，突入榆社中学，经白刃格斗，全歼残敌。
日军遭到沉重打击，恼羞成怒，集中兵力对我抗日根据地进行疯狂大扫荡。10月6日起，百团大战进入第三阶段。在日军的疯狂进攻下，第129师处境十分危险。10月28日，刘伯承和邓小平率师部人员连夜行进到宋家庄，在日趋严重的形势下，给每人发了一支步枪，准备各自为战。29日，陈赓率第386旅以及决死纵队对关家垴日军实施总攻击。整整一个上午炮声隆隆。中午，刘伯承和邓小平率师部奔赴前线。到达后，邓小平指示：“一切为着前线的胜利！今晚机要科、一科任务特别重要，不能睡觉。”连日作战，师部工作人员已经疲惫不堪，但都坚决执行命令，坚守战位。夜10时许，彭德怀来电，命令第129师次日凌晨4时发起总攻，不惜一切牺牲，坚决消灭关家垴、东庄、中村之敌。从总攻开始到中午，战斗一直在激烈地进行着，敌机狂轰滥炸，企图掩护日军突围，八路军的伤亡数字也在不断增大。
在距离关家垴不远的指挥所内，刘伯承和邓小平守在电话机旁，密切关注前线战况，气氛极度紧张。这时，参谋将电话交给刘伯承。陈赓报告说，因为伤亡太大，有的连队只剩下十余人，已经有些顶不住了。刘伯承对着话筒大声说：“……同志！无产阶级的队伍，难道我不心疼吗！”说完，气冲冲地把话筒一摔。这时，邓小平拿起电话，十分严肃地对陈赓说：“同志！全局！全局！要从全局出发！要不惜一切代价拿下来！打大仗不可能无伤亡，问题是要把火力组织好，一鼓作气，减少伤亡。”听到这几句简短有力的话，陈赓心服了。在刘伯承和邓小平的有力指挥下，前线指战员拼死杀敌，打得敌人抱头鼠窜，狼狈逃命。在历时3个半月的百团大战中，第129师参战兵力达38个团，共进行大小战斗529次。总计破坏铁路491里，公路1052里，碉堡59个，桥梁187座，车站30个；烧毁火车2列、汽车47辆；击落日军飞机4架；毙伤日伪军7507人。日军的“囚笼政策”宣告破灭。
横扫反共顽军
1938年10月，国民党反共顽固派在蒋介石的授意下，不断在我抗日根据地制造摩擦，破坏抗日政权。1939年1月，为贯彻统一战线方针，邓小平于16日、25日，两次和国民党第10军团司令石友三会谈，表明八路军坚持与国民党军团结抗日的主张，并严正声明坚决保卫抗日根据地的立场，使石友三暂时保持中立，孤立了其他顽固派的反共行为。同年11月，国民党召开五届六中全会，又确定以“军事限共”为主，“政治限共”为辅的方针，并发出“进攻八路军、新四军”的密令。
1940年2月初，朱怀冰纠合庞炳勋等部，与平汉路东的石友三等反共顽军遥相呼应，企图待蒋介石增派的援军到达后，由南而北向我抗日根据地进攻。朱怀冰迫不及待地在武、涉公路以南，漳河以北层层筑堡挖沟，断我交通补给，并于2月18日以两个团的兵力，打死打伤八路军150余人，抢走价值2.7万余元的军用物品。
日寇侵华，国民党顽军不去抗日，却在自家背后捅刀！彭德怀拍案而起，愤怒地说：“把朱怀冰这个‘摩擦’专家给我收拾掉！”朱德总司令气愤地说：“由小平同志来干，到时候好说话。”邓小平坚定地说：“朱怀冰是进攻我们的急先锋，我们应集中主力歼灭朱怀冰部，监视鹿钟麟和孙殿英部，尽可能争取他们中立。”
3月5日凌晨2时，邓小平一声令下，反顽战役打响。顽军第94师和第24师结合部防御薄弱，在八路军的进攻下，纷纷逃窜。八路军攻占沿途全部碉堡，歼灭其补充团大部，迫使顽军主力败退。次日晨，八路军中央队、左翼队南北夹击顽军，使其弃下全部辎重急渡漳河，向林县潜逃。邓小平命令部队全线追击。经3天激战，歼灭朱怀冰第97军及其游杂武装1万余人，生俘7千余人。朱怀冰丢盔弃甲，率残部两千余人溃逃至河南修武县境内。
至此，根据中共中央和毛泽东的指示，八路军派代表同国民党第一战区司令长官卫立煌进行谈判，争取双方休战，以共同抗日。3月中旬，双方议定以临屯公路和长治、平顺、磁县一线为界，八路军主动退出大片地区。5月，同国民党军签约，以漳河为界划分了作战区。邓小平率部后撤，把顽军俘虏全部移交国民党军。
反摩擦斗争的胜利，巩固了晋冀鲁豫根据地，改变了八路军被日军、顽军夹击的危险局面。不久，太行军政委员会成立，邓小平任军政委员会书记。